หลังจากการต่อสู้ครั้งยิ่งใหญ่ระหว่าง ก๊อตซิล่า และ MUTO ที่สร้างความเสียหายให้กับซานฟรานซิสโก และการเปิดเผยที่น่าตกใจว่าสัตว์ประหลาดมีอยู่จริง พี่น้องสองคนที่เดินตามรอยพ่อของพวกเขา ได้ค้นพบความเชื่อมโยงของครอบครัวของพวกเขากับองค์กรลับที่รู้จักกันในชื่อ Monarch เบาะแสนำพวกเขาเข้าสู่โลกแห่งสัตว์ประหลาดและท้ายที่สุดก็เชื่อมโยงไปยัง นายทหาร “ลี ชอว์” ที่มีเรื่องราวในช่วงทศวรรษ 1950 และครึ่งศตวรรษต่อมา ที่ที่ Monarch ถูกคุกคามจากสิ่งที่ชอว์รู้เรื่องราวนี้ จะเล่าสองไทม์ไลน์ สามชั่วอายุคน เผยให้เห็นความลับที่ถูกฝังไว้ จนกลายเป็นอีเว้นท์ใหญ่ของจักรวาล